La rotación de cultivos, es un factor importante en la práctica de la AC. Se refiere a la siembra de diferentes productos a lo largo de distintos ciclos, o bien el establecimiento de otras especies en sucesión o relevo en el mismo ciclo, siguiendo un orden definido. Como ejemplos de rotación están la siembra del maíz-frijol de relevo y del maíz con calabaza, frijol y canavalia, entre otros. De preferencia deben incluirse cultivos de leguminosas. Cuando las diferentes especies son cultivadas de forma consecutiva en el mismo campo, se reduce el riesgo de una pérdida drástica de nutrientes; una alternancia equilibrada de especies de cultivo también impide el desarrollo de enfermedades, plagas y malezas específicas. La rotación de cultivos es también un instrumento importante para mantener la materia orgánica del suelo; de manera ideal, debería mantener o, incluso, incrementar el contenido de materia orgánica del suelo.