La pudrición de la mazorca causada por Fusarium moniliforme ocasiona cuantiosas pérdidas en maíces (Zea mays L.) adaptados a los valles altos de México. Los objetivos de este trabajo fueron identificar loci para un carácter cuantitativo (QTL) asociados con la resistencia genética a F. moniliforme, sus posiciones y efectos en el genoma; investigar la consistencia de los QTL medidos en dos poblaciones y considerar su utilización en programas de selección asistida por marcadores moleculares (SAM). Se usaron 149 y 106 marcadores RFLPs para cartografiar dos poblaciones F2 de 238 y 206 individuos, respectivamente, de las cruzas simples entre dos líneas endogámicas de maíz (resistente x susceptible). En las familias F3 se registraron datos del porcentaje de infección de la mazorca, después de la inoculación artificial, en dos localidades del Edo. de México: El Batán y Santa Lucía, durante 1996 y 1997. El análisis de QTL se efectuó con el programa de cartografía de intervalo compuesto combinado. En la Población 1 se etectaron nueve QTL en los Cromosomas 1, 2, 3, 4, 6, 7 y 10 que explicaron entre 30% y 44% de la varianza fenotípica σ f 2 d i , y siete QTL en la Población 2, sobre los Cromosomas 1, 3, 4, 5, 6 y 7, que explicaron de 11% a 26% de σf 2 . Trece de estos QTL mostraron significancia en la interacción QTL x Ambiente. Los tres QTL de los Cromosomas 3 y 6 coincidieron en ambas poblaciones. Por el número y pequeños efectos de los QTL detectados, y por el hecho de que éstos necesitan estar definidos en cada combinación de genotipos, el uso de la SAM para este carácter podría no ser una opción recomendable para aplicarla rutinariamente.